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溫州醫科大學的研究生教育自1978年起便拉開序幕,起初,負責研究生教育管理的部門隸屬于教務處。伴隨著學校研究生教育的不斷壯大網校頭條,管理架構亦逐步健全。1986年醫科大學護理學院,研究生教育管理職能從教務處遷移至科研處,并在科研處內部設立了專門的研究生科。1999年10月,學校正式成立了研究生處。隨后,在2000年,該部門更名為研究生部。最終,在2012年,研究生部升級為研究生院,并一直沿用此名稱至今。2001年醫科大學護理學院,我校成立了研究生部黨總支,該部門主要負責研究生黨建及思想政治工作。到了2004年,隨著機構改革的推進,又增設了三個新科室,分別是研究生招生辦公室、研究生培養辦公室以及學科建設辦公室。再至2006年,又進一步增設了綜合辦公室。而在2008年6月,我校的研究生教育管理結構進行了調整,實施了校、院二級管理模式,學校內部設立了研究生部以及黨委研究生工作部,后者簡稱為研工部。研究生部與研工部實行同一辦公地點,內部設有研究生教育與管理辦公室、招生辦公室、培養與學位辦公室以及學科建設辦公室。至2012年12月,研究生部下屬機構進行了調整,包括研究生教育與管理辦公室、招生辦公室、培養辦公室以及學位辦公室。2016年10月,研究生院對其下屬機構進行了調整,設立了研究生教育管理辦公室、招生辦公室、培養辦公室、學位辦公室以及學科辦公室。