慕尼黑工業大學下設四個系和15個學院：
數學與自然科學系：包括數學學院、物理學院和化學學院。
工程與建筑學院：設有航空與測繪學院、土木與環境工程學院、建筑學院、機械工程學院、電子工程與計算機學院、信息學院6個學院。
生命與健康科學系：下設生命科學學院、醫學院、運動與健康科學學院3個學院。
社會科學系：下設教育學院、治理/行政學院、工商管理學院三個學院。
TUM以工程科學和自然科學為主德國慕尼黑工業大學網校頭條，還設有醫學院和位于慕尼黑的德國心臟研究中心、運動科學院以及位于魏恩施泰芬（弗賴辛）的營養、土地規劃和環境科學中心。這些院系的結合使得慕尼黑工業大學在歐洲眾多大學中具有得天獨厚的優勢。德國研究聯合會（DFG）在慕尼黑工業大學設立了12個研究站點德國慕尼黑工業大學，其中許多研究項目享譽全球。人文學科則設立在慕尼黑的另一所大學：路德維希馬克西米利安慕尼黑大學（即：慕尼黑大學）
專業
高分子材料科學、農學、建筑學、土木工程、土木材料與維護、生物化學、生物信息學、生物學、釀造與飲料技術、工商管理（MBA）、化學、化學工程、優化設計、通信與決策（MBA）、計算機力學、計算科學與工程、計算力學、消費者研究、電子與信息科學、能源與過程科學、工程物理、開發與設計、營養學、地球與空間科學、汽車與發動機科學、財務與信息管理、林業科學、林業資源管理、園藝學、土地測量與地理信息學、地理科學、工業化學、計算機科學、通信技術、工程水利、集成組件設計、科學運輸系統、核技術、土地管理、土地利用、景觀設計與景觀規劃、食品化學、航空航天科學、機械制造與管理、機械工程、生物技術數學、數學、機械電子與信息技術、醫學、醫療技術、微波工程、分子生物技術、原子技術、生態學、物理學、生產與物流、修復與保存技術、體育、運動科學、可持續資源管理、食品工程、工商管理、應用數學、交通系統、環境工程、環境規劃與生態工程、經濟計算機科學等。
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