二級建造師的掛靠程序通常包括以下步驟：

1. 找到“掛靠”單位：可以通過網絡、熟人介紹、中介等途徑尋找“掛靠”單位。

2. 與單位協商費用：找到合適的“掛靠”單位后，需要與單位協商確定費用、費用支付方式、證書使用方式等細節。

3. 簽訂協議：在費用協商一致后，需要簽訂正式的掛證協議，明確雙方責任和權益。

4. 提交材料：按照協議約定的時間和方式，向單位提供所需材料，包括身份證、學歷證明、職稱證書、勞動合同、社保繳費證明等。

5. 辦理證書交接：將個人的二級建造師證書及印章等交給“掛靠”單位，并按照協議約定支付相應的費用。

6. 定期檢查：定期與“掛靠”單位溝通證書使用情況，了解證書的使用范圍、是否存在風險等。

需要注意的是，“掛靠”行為涉嫌違法，且存在較大的風險。在選擇“掛靠”單位時，需要謹慎了解相關風險，選擇正規渠道，避免上當受騙。同時，在簽訂協議時，應該明確雙方的權利和義務，并保留好相關證據，以備不時之需。

二級建造師的掛靠程序常見問題包括：

1. 證書掛靠是否合法：證書掛靠在法律上沒有明文禁止，但掛靠本身就處于一種不正當的行為，雖然一些企業或個人宣稱“掛證不執業”、“異地使用”，但實際上并沒有真正履行職責，存在一定的風險。

2. 證書與印章的使用：證書是代表你的專業能力，而印章則代表你的權威。通常來說，企業會給你一定的授權書，用于在項目上使用印章。但是也有一些不良企業直接使用印章，這存在一定的風險。

3. 費用問題：證書掛靠通常需要支付一定的費用，包括初始注冊、續期注冊等費用。需要確認費用支付方式、支付時間、發票等問題。

4. 社保問題：證書掛靠可能會涉及到社保的問題。一些省份要求項目經理必須在本省注冊才能擔任相關職務，因此在掛靠時需要確認注冊企業是否符合要求。

5. 風險問題：證書掛靠仍然存在一定的風險，包括企業違約、工程項目問題、法律糾紛等。需要了解企業的信譽和項目情況，并在協議中明確雙方的權利和責任。

為了減少這些問題，建議在掛靠前簽訂正式的勞動合同，并要求企業購買社保。同時，建議選擇有良好口碑和信譽的企業進行合作。在掛靠過程中遇到問題時，應盡快溝通并協商解決方式。

二級建造師掛靠程序注意事項如下：

1. 確認好報名的條件，包括學歷、專業、工作年限等是否符合規定。

2. 準備好相應的報名材料，如身份證、學歷證書、職稱證書等原件和復印件，以及證件照和符合要求的電子文檔。

3. 及時關注并辦理二級建造師注冊所需的資料，包括建造師注冊申請表、建造師執業資格證書、身份證、學歷證書和職稱證書等原件以及復印件，還需要提供社會保險繳納證明等。

4. 掛靠前需要進行企業注冊和資質升級，確保企業有足夠的資質來使用該注冊證。

5. 掛靠協議要細致、全面地閱讀，明確自己的權益和責任。特別要注意的是，掛靠協議中應明確建造師在注冊有效期內每年的參加繼續教育的時間、費用等要求。

6. 掛靠單位要符合建設部門規定的資質要求，最好選擇有發展前景、規模較大、信譽較好的單位進行掛靠。

7. 注冊證書和執業印章是掛靠的主要產物，也是最重要的權益所在，一定要妥善保管。

8. 需要注意證書的掛靠不能超出其規定的有效期。

以上就是掛靠程序中需要注意的一些事項，供您參考。在辦理過程中如有疑問，可咨詢相關部門或查閱官方政策以獲取準確信息。